В 1896 – 1904 гг. при участии Ф.О. Шехтеля было произведено обновление храма, в частности, росписей и иконостаса.
Храмы Черниговского переулка не избежали печальной участи многих храмов и монастырей после революции. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи был закрыт в 1917 году, храм Черниговских чудотворцев – вскоре после него. С 1924 г. в здании храма Черниговских мучеников находился молитвенный дом баптистов, а в 1934-1977 гг. склад. Милостью Божией храмам удалось избежать полной ликвидации.
В 1969 г. М.Л. Богоявленский, один из крупнейших специалистов по истории московских храмов, так описывал состояние храма святых Михаила и Федора Черниговских: «Церковь в настоящее время обезглавлена, штукатурка местами отвалилась, колокольня покрашена, позолоты нет. Внутри помещается «Управление продовольственными товарами. Райторготдел Советского района»».
Во второй половине 1970-х годов, когда столица СССР готовилась к приему иностранных гостей в связи с предстоящими Олимпийскими играми 1980 года, в ней были проведены масштабные реставрационные работы. Отреставрировали и храмы подворья вместе с отдельно стоящей колокольней в Черниговском переулке. На Иоанновской церкви вновь появились купол и крест, а в интерьере храма были обнаружены фрагменты росписей XVII и XIX вв. Также были восстановлены ограда с решеткой. На храме Черниговских мучеников покрыли изумрудной черепицей главы, раскрыли завершение с кокошниками. Стены обоих храмов были оштукатурены и побелены, трапезная и колокольня — покрашены. Реставрационные работы продолжались вплоть до 1984 года.Последним владельцем храмов было Министерство промышленности стройматериалов СССР. В 80-е годы XX века в храме святого Иоанна Предтечи находился принадлежавший министерству демонстрационно-выставочный зал «Художественное стекло». В 1991 г. храм Черниговских мучеников был возвращен Русской Православной Церкви. 3 октября 1993 г. состоялось его освящение. В 1997 г. возобновились богослужения и в храме Усекновения главы святого Иоанна Предтечи под Бором.
Сейчас храмы Черниговского переулка являются Патриаршим подворьем, в них завершена реставрация.
В июне 2010 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом комплекс зданий подворья был передан Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых Кирилла и Мефодия. Настоятелем Иоанновского храма назначен ректор ОЦАД митрополит Волоколамский Иларион.
1 ноября 2015 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором.
К 3 октября 2017 года, престольному празднику храма свв. Михаила и Феодора Черниговских, были завершены масштабные работы по реставрации и росписи. 11 марта 2018 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения храма.